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Uma vez que o SCN tenha recebido informações sobre a luz externa através dos ipRGCs, ele pode sinalizar o processo de secreção de melatonina na glândula pineal. Esse processo, que estabelece o ritmo do ciclo diário de 24 horas, é conhecido como arrastamento circadiano. O SCN também é diretamente envolvido na regulação da temperatura do sono e na liberação de cortisol.
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